Pesticidi koji su proizvedeni kao sredstvo  povećanja prinosa mogli bi imati i suprotan učinak. “Uobičajni pesticidi mogu blokirati mehanizam bakteriološke azotofiksacije u zemljištu” naslov je izvještaja  Jennifer Fox i kolega sa Tulane Univerziteta.  

Svaka od kvržica korijena soje sadrži milione azotofiksatora  Bradyrhizobium bacteria

Tokom vremena zemljišta sa kulturama koje su tretirane pesticidima pokazale su manju plodnost, tako da se, za zadržavanje plodnosti zemljišta i visine prinosa, moralo koristiti više vještačkog đubriva .

U poljoprivrednoj praksi koristi se sistem plodoreda. Vremenom, na parcelama na red dolaze i leguminoze koje imaju sposobnost vezivanja atmosferskog azota u zemljištu te njegovog zadržavanja. Treba istaći da je ovo i jedini način zadržavanja azota u zemljištu. Međutim, rezultati nastali tokom testiranja pojedinih pesticida primjenjenih na uzgajane mahunarke, pokazali su smanjenje prinosa i do 20%. Ono što treba istaći je činjenica da primjenjeni pesticidi nisu toksični ni na biljke ali ni na bakterije azotofiksatore.

“Da bi došlo do formiranja kvržica sa bakterijama azotofiksatorima, biljke šalju svoje “hemijske” signale u zemljište putem korijena. Ovi se “signali” vežu sa NodD receptorima bakterija što aktivira gene u bakterijama koji su odgovorni za vezivanje bakterija za korijen domaćina. Ali, primjenjeni pesticidi su blokirali NodD  receptore bakterija, što je za rezultat imalo smanjenje broja bakterija azotofiksatora na korijenu domaćina ”

Značaj bakterija azotofiksatora je ogroman jer oni predstavljaju prirodan način đubrenja zemljišta. Ipak, u poljoprivrednoj proizvodnji njihovo mjesto je zanemarljivo i umjesto da se nalaze u plodoredu (leguminoze) njihovo mjesto je zamjenjeno – uslovno – drugim kulturama i povećanom vještačkom đubrenju.